本校為促進離島高等教育發展及兩岸青年學子學術交流，特於金門設立分部，並設有碩士在職專班金門分部教育研究所、觀光事業研究所、連江班公共事務研究所，共3所開放申請，廣招各領域有意願進行在職進修者報考。網路登錄報名時間為4/8-22。
報考者應具相當工作經驗年資並符合下列一般應試資格條件之一：1.國內經教育部立案之大學或獨立學院畢業，取得學士學位。2.符合教育部採認規定之國外大學或獨立學院畢業，取得學士學位。3.符合教育部訂定入學大學同等學歷認定標準之規定。
該項招生考試4/8-22開放網路登錄報名，5/3-21列印准考證，金門分部5/14考試，連江班5/21考試，5/27放榜。詳情參閱本校招生網站http://admission.mcu.edu.tw/node/7。